Egykori birtokosa, Perényi Péter bástyás várfalövvel vétette körül a középkori városközpontot és a külső vár délkeleti részében alakította ki új rezidenciáját, a belső várat. 1540-ben kezdtek hozzá a belső vár keleti részén a palotaszárny építéséhez, amely Perényi Péter fia, Gábor idején 1563-ban fejeződött be.

Feltehetően Perényi Gábor birtoklása idején, 1567-ben készült el a tornyot kívülről övező elővédbástya, a „párkány” is. Az együttest az észak-itáliai Alessandro Vedani terveivel, irányításával késő reneszánsz stílusban magyar mesteremberek készítették. (A román, gótikus faragványtöredékek a korábbi domonkos kolostor és a közeli várkastély maradványai.) Ezután a vár 1573-ig kamarai kezelésben állt, majd a Dobó és a Lorántffy család tulajdonába került. 1616-ban Lorántffy Zsuzsanna hozományaként lett Rákóczi-birtok.

A Rákócziak is jelentős építkezéseket folytattak a belső vár területén, az építkezések kezdete az 1630-as évekre tehető; 1642–43-ban készült el a palota déli emeleti szárnyrésze és a Bokályos-ház, 1646-ban pedig a Lorántffy-loggia, amely az udvar legértékesebb dísze. 1627-re épült fel az új bástya és 1656-ban emeltek új szintet a Vörös-toronyra ágyúállással, magas gúlatetővel, sarkain négy őrtornyocskával. A 17. századi építkezések eredménye az északkeleti sarokbástya szegletén, az emeleten kiugró Sub Rosa-erkély, amely a kerek erkélyszobácska festett boltozatának stilizált zárókövét díszítő rózsáról kapta elnevezését.

A császári csapatok 1702-ben felrobbantották a külső várat és megrongálták a Vörös-tornyot is. 1703-ban, amikor Rákóczi kurucai elfoglalták, leégett a fényes várkastély. Ennek ellenére itt tartották a Rákóczi-szabadságharc 1708-as, a fegyveres harcokban résztvevő jobbágyok hajdúszabadságát rögzítő országgyűlését. A Rákóczi-szabadságharc után osztrák–német eredetű birtokosai voltak a várnak egészen 1945-ig. A Trautson, a Bretzenheim és végül 1875-től a Windischgrätz család volt a tulajdonosa. Trautson herceg barokk ízlésben újíttatta meg, a Bretzenheim hercegi család idején kapta a várkastély a romantikus és eklektikus ízlésű külső és udvari homlokzatait, megőrizve ugyanakkor a Vörös-torony 16-17. századi, késő reneszánsz jellegét.

A vár épületében 1950-ben kezdte meg működését a Rákóczi Múzeum (ma a Magyar Nemzeti Múzeum Rákóczi Múzeuma). Látogatásunk során csak ritkán érezzük magunkat kiállításon – sokkal inkább egy 16–18. századi időutazáson.

A külső várban feltárták I. Rákóczi György ágyúöntő műhelyét, és egy új bemutatóteret létrehozva adnak lehetőséget a látogatóknak, hogy megismerkedhessenek a kora újkori bronzágyúk készítésével, valamint I. Rákóczi György tüzérségének történetével.

A várat övező várkert a híres sárospataki kertek hírmondójaként maradt meg. A kertkultúra Lorántffy Zsuzsanna idejében virágzott. A mai várkert csupán néhány idős fát őrzött meg a letűnt időkből. Mai formáját a Bretzeinheimek alakították ki. Az idős fák közül nevezetes a több mint 500 cm törzskerületű fehérakác, a 400 cm-nél is nagyobb törzskerületű japánakác, és a két idős virágos kőris.

A vár területén áll a 17. századi lakodalmas palota, a későbbi trinitárius kolostor, ma a Múzsák temploma. A középkori alapokra emelt uradalmi épület 1651-ben, Rákóczi Zsigmond és pfalzi Henrietta esküvőjekor lakodalmas ház lett. Később gazdasági épületként hasznosították, majd 1693-ban II. Rákóczi Ferenctől adományként kapta meg a trinitárius rend. A szerzetesrendet 1784-ben oszlatták föl, és uradalmi tisztviselők számára engedték át az épületet. A Múzsák templomában a múzeumi műhelyek mellett rendezvények – reprezentatív koncertek, kiállítások és konferenciák – is otthonra találnak. Itt rendezték be Farkas Ferenc (1905–2000) Kossuth-díjas zeneszerző emlékszobáját; és állandó kiállításon mutatják be az építés és a felújítás történetét is.

Cím: Szent Erzsébet u. 19.